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将菌块破碎，掺上点土堆在向阳的地方覆盖塑料布保温。一般在2天至3天后肥堆内温度可达60℃至70℃，以后还可继续堆积新鲜有机肥，这样一层层地堆积，直到高度2米至2.5米为止。用泥土把肥堆封好，保持温度，阻碍空气进入，防止肥分损失和水分大量蒸发。一般1个半月至2个月就可达到半腐熟状态，经过4个月后就可完全腐熟。
此外，为了提高有机肥肥效，减少氮素损失，可加入4%的过磷酸钙和有机肥混合堆积。
三、生物肥腐熟工艺
1）菌种活化好之后，与生产需要的秸秆（最好进行粉碎）等干物质拌合，尽可能混合均匀，备用。
2）将拌合好的菌剂、秸秆等与鸡粪等尽快搅拌均匀。搅拌好的物料含水量应该在50-55%之间，松散透气最佳。
<div> 3）将拌好的物料堆成条垛，高度80-120 公分，宽度不小于2.5米，截面为梯形。
4）由于是好氧发酵，发酵过程中氧气越充足效果越好。因此堆积好的物料，第2、3 天开始翻堆，每隔2 天翻一次。翻堆的作用有三个：一是透气，向料堆内供氧，促进物料的发酵腐熟；二是搅拌均匀，使表层物料能翻到内部，通过高温使表层的病害微生物、病虫卵等也被彻底杀死。
一般在夏秋季节第二天即可升温（冬天气温低的情况下启动稍慢），3 天左右即可达到50℃以上，5-7 天能升到70℃，在此温度下维持7-10 天，即可有效杀死各种病菌害虫，降解纤维，合成各种腐殖质，除臭效果明显。料堆温度超过70℃时，应及时翻堆降温，促进物料中腐殖质的形成。
发酵腐熟周期一般在25-40 天。中期（第10-15 天）如果发现料堆水分含量太低，需要适当补水。如果遇到下雨，需要遮盖，防止雨水冲淋带走养分。
后期发酵温度下降至50℃以后，可以摊平料堆，停止发酵，促进水分蒸发。发酵结束后，物料水分一般在35%以下，效果好的可以降低至25-35%。松散，无臭，有肥沃土壤的味道。可即时施用，也可以长期堆置贮存，按需施用。
制作有机肥的方法：酵素菌堆肥、杂草发酵法、秸秆发酵法、高温发酵法、蔗渣发酵法。
1、酵素菌堆肥
将麸皮、钙镁磷肥、红糖、酵素菌混合均匀，然后加入鸡粪，依次撒施在水湿透的秸秆上，搅拌均匀后堆于池内，稍微的用重物压一下，然后每天观察堆肥的温度、湿度，最适宜堆肥发酵的温度为60～65℃、湿度为50%～60%，在堆肥变成黑褐色腐烂状态，无光泽，且无任何异味时，说明制作完成。
2、杂草发酵法
杂草的可以选择的很多，如玉米杆、稻草等等都是可以的，首先在地面铺上7-10cm厚的塘泥或细土，盖上一层杂草，然后泼上少量的人粪尿，接着覆盖7-10cm的细干土，依次堆积到1.5米高后用塘泥密封，经过一个月后翻堆一次，再密封。15～20天后可施用。
3、秸秆发酵法
用晒干的稻草、麦秸以及细干土、人畜粪按照6:3:1的比例进行沤制，在混合前的一天要用水将秸秆浇透，然后混合细干土、人畜粪堆积到1.5米高，顶部用塘泥密封。25～30天后翻堆1次，再密封。15～20天后可施用。
4、高温发酵法
猪、牛、羊等畜粪与草皮或鲜嫩杂草按2：1的比例加适量水拌匀后堆成堆，用塑料薄膜密封沤制。25～30天后可施用。
5、蔗渣发酵法
很多糖厂会产生大量的蔗渣、滤泥、废醪液、炉灰等，这些可以经过生物高温发酵，生产出优质的生物有机肥。首先将蔗渣和腐熟菌种按照50cm进行分层混发酵，期间不断的喷洒醪液以增加水分，等到水分干时，可以适量的加入滤泥和炉灰以增加养分，一般发酵15～30天后可施用。
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